În “Yu-Gi-Oh!: The Dark Side of Dimensions“,  KaibaCorp face cercetări despre Puzzle-ul Mileniului. Dintr-o dată, un bărbat misterios este înfățișat în altarul subteran, în timp ce unul dintre paznicii lui Kaiba îi spune că este în spatele programului și că își va accelera progresul și că vor găsi pe cineva care ar putea dacă nu poate.

La un an după plecarea faraonului, Yugi Muto și cei mai apropiați prieteni se află în al patrulea și ultimul an al liceului Domino și vorbesc despre ceea ce vor face în viitor. Între timp, Seto Kaiba a comandat o excavare pentru a recupera Puzzle-ul Mileniului din ruinele camerei Millennium. Acolo a fost adăpostit spiritul rivalului său vechi, Faraonul Atem, pe care speră să îl reînvie la viață pentru a-și stabili planurile sale.

Excavația este întreruptă de Diva, care se confruntă cu Kaiba într-un duel de cărți și fură două bucăți din puzzle-ul recuperat. Acesta își păstrează un fragment și îi dăruiește celălalt fragment surorii lui mai mică, Sera, care îl transmite lui Yugi Muto, fiind singurul care poate reasambla Puzzle-ul, fiind gazda Faraonului fără nume.